p(1x1)Cu(111)的优化计算 POSCAR的修改 与单点计算不同,优化计算可能涉及到离子步迭代、晶格常数的改变。但Cu(111)晶面的优化计算并不只是在INCAR里添加参数IBRION,优化计算确实允许原子弛豫,但在slab模型中,只允许表面的两层原子允许弛豫,而下面的那些原子则直接固定住 这样做的物理意义在于:在真实的环境下,催化剂体相看做是不变的,只有表面的原子参与催化反应 前面在乙醇分子的振动频率分析里面已经学过了 2025-04-27 从零开始的科研之旅 > VASP #化学 #科研
Cu(111) slab模型的单点计算 首先对Cu单胞进行结构优化(bulk计算),然后使用优化的结构进行切割,再进行计算(由于晶胞已经优化过,所以本次计算其实是单点计算)。大师兄提到: Cu(111) slab 模型(POSCAR)的制作流程(复习一下)。**注意:**前面我们用的是Conventional cell,下面用的是Primitive Cell。 一般来说用Conventional cell, FCC的金属可以用Prim 2025-04-23 从零开始的科研之旅 > VASP #化学 #科研
Cu单胞的bulk计算 bulk计算,直译为“体相计算”,指的是模拟理想的三维无限大晶体(无表面、界面或缺陷,不模拟则体系太大算不动),利用 周期性边界条件 描述材料的体相性质,主要用于研究材料的本征物理化学性质(如晶格结构、电子能带、热力学稳定性等) 准备POSCAR 打开materials studio-File-Import-Structures-Metals-pure metals-Cu.xsd,然后expor 2025-04-23 从零开始的科研之旅 > VASP #化学 #科研
2025年4月Intel平台VASP.6.4.3的编译安装 2025年4月Intel平台VASP.6.4.3的编译安装 WSL的安装 个人对Arch Linux比较熟悉,安装后只用于学习使用,不作为稳定的生产力环境,故选择Arch Linux,洋垃圾配置如下,两颗E5 2676 v3 打开powershell或者终端,输入wsl --install archlinux以自动安装,这一步需要使用代理(MAGIC),主机上使用Clash-Verge进行 2025-04-21 从零开始的科研之旅 > VASP #化学 #科研
乙醇分子的气相优化和振动频率计算 乙醇分子的结构优化 INCAR 1234567SYSTEM = ethanolISMEAR = 0 #Gaussian ismear, for insulatorSIGMA = 0.01NSW = 200IBRION = 2 #OptimizarionPOTIM = 0.01 #a little conservative step KPOINTS 12345K-POINTS0Gamma1 1 2025-04-19 从零开始的科研之旅 > VASP #化学 #科研
Rocks could save the world (Yes, rocks) Rocks could save the world (Yes, rocks) The Canary Islands are home to Mount Teide, one of the world’s largest active volcanoes. Capable of spewing tens of millions of cubic meters of lava in a sin 2025-04-18 Stormy English > TED-Ed #English Learning
What staying up all nights does to your brain What staying up all night does to your brain You’re just one Roman Empire history final away from a relaxing spring break. But you still have so much to study! So you decide to follow in the footstep 2025-04-18 Stormy English > TED-Ed #English Learning
氧气分子单点能的计算及结构优化 单点能计算又叫做静态计算,计算时不会优化结构 INCAR 12345678SYSTEM = OISMEAR = 0 #绝缘体系ISMEAR = 0SIGMA = 0.01ISPIN = 2 #氧气是顺磁性分子,ISPIN = 2开启自旋MAGMON = 2*2 #设置磁矩#IBRION = 2 确定计算过程中晶体结构如何变化的参数,不设置使默认IBRION = -1,IBRION =2为共轭梯度算 2025-04-18 从零开始的科研之旅 > VASP #化学 #科研
2025年4月AMD平台下VASP的编译安装 2025年4月AMD平台下VASP的编译安装 WSL2安装 本次安装选择的Ubuntu作为发行版,使用人数较多,解决方案较多 更新源 1sudo apt update 安装编译器 AOCC 下载aocc-compiler-5.0.0.tar,解压 1234tar -xvf aocc-compiler-5.0.0.tar #解压cd aocc-compiler-3.2.0 #进入目录./i 2025-04-17 从零开始的科研之旅 > VASP #化学 #科研
Mild Waterfall 这几天高强度学习VASP第一性原理计算,越来越上头了,尽管还不能figure out每一个参数的含义,但是大概已经弄懂一些简单算例的思路了。 上午终于也是向老师交流完实验室的事,有一种如释重负的感觉。 中午意外地抢到了五一去北京的票,终于能和老同学相见了~😜 下午又是、、、仪器分析实验,D A M N! 极度缺乏ATP的大脑拖着我,稀里糊涂的弄完高效液相色谱实验,回到图书馆美美地睡了一觉,起床又 2025-04-17 沉思录 #沉思录