一些简单的Linux命令

使用for循环批量创建文件夹

for i in {2..9}; do cp 0.01 0.0$i -r ; done

使用sed命令不打开文件而进行替换

sed '3s/0.01/0.02/g' ICNAR

对第三行(3)出现的所有0.01(g,全局替换)进行替换(s表示替换操作)，替换为0.02，只输出替换后的结果

sed ‘3/0.01/0.02/g’ INCAR > INCAR最后什么也没有

加上-i参数可以直接进行编辑

结合for循环和sed批量命名

[storm@cachyos-x8664 ex03]$ for i in *; do sed -i "3s/0.05/$i/g" $i/INCAR ; done
[storm@cachyos-x8664 ex03]$ grep SIGMA */INCAR
0.01/INCAR:SIGMA = 0.01
0.02/INCAR:SIGMA = 0.02
0.03/INCAR:SIGMA = 0.03
0.04/INCAR:SIGMA = 0.04
0.05/INCAR:SIGMA = 0.05
0.06/INCAR:SIGMA = 0.06
0.07/INCAR:SIGMA = 0.07
0.08/INCAR:SIGMA = 0.08
0.09/INCAR:SIGMA = 0.09

使用双引号以读取变量的值

注意这里使用的是英文括号而不是花括号

for i in $(seq 8 2 16); do cp 888/POSCAR ${i}${i}${i}/POSCAR; done

“提交任务的命令”

yhbatch -p gsc -N 1 -J test job_sub 

找能量的命令

grep  without OUTCAR | tail -n 1
grep '  without' OUTCAR | tail -n 1  # 本人常用的是这个
grep sigma OUTCAR | tail -n 1 

提交任务，多个文件夹

for i in *; do cd $i ; vasp1; cd $OLDPWD; done

alias vasp1=‘mpirun -n 8 vasp’

输出时间信息

for i in *0; do echo -e  $i "\t" $(grep User $i/OUTCAR | awk '{print $4}'); done

绘图脚本

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

x,y = np.loadtxt('data.dat', delimiter =  ',',
      usecols=(0,1), unpack=True)
plt.xlabel('ENCUT / eV')
plt.ylabel('Ttme / S')
plt.plot(x,y, 'rs-', linewidth=2.0)
plt.show()

在vim中进行替换

: 10,30s/$/T T T/g

$表示每一行的末尾

提取能量（用制表符TAB进行分隔）

for i in [0-9]*/; do
  dir=${i%/}
  energy=$(grep '  without' "$dir/OUTCAR" | tail -n 1 | awk '{print $7}')
  printf "%s\t%s\n" "$dir" "$energy"
done > data