后记

重新安装了Rocky Linux10，并安装了Slurm作业系统，尝试编译安装vasp，由于用的Rocky10，gcc等各种套件都比较新，折腾麻了，各种编译报错，干脆换到了较新的vasp.6.5.1版本，一遍过！

编译HDF5

编译HDF5部分内容参考了教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/617261007

编译安装HDF5之前需要先编译安装它的依赖zlib😂，首先去官网https://www.zlib.net/，目前最新的的版本是zlib 1.3.1，下载源代码source code，哪种格式的都行，我的工作站有网就直接用wget了：

1	wget https://www.zlib.net/zlib-1.3.1.tar.gz

没网的集群自己下载到本地计算机再上传到集群上。

解压、配置、编译、测试、安装：

1	tar -zxvf zlib-1.3.1.tar.gz

1	./configure --prefix=install_directory

make -jN

make test

1	make install

接下来安装szip，官网(https://docs.hdfgroup.org/archive/support/doc_resource/SZIP/index.html)同样只提供了源代码，需要编译安装，安装过程大差不差，类似的

接下来编译安装HDF5，官网打开比较慢、、、目前最新版本是1.14.6，使用1.14.5版本编译成功

1	wget https://support.hdfgroup.org/releases/hdf5/v1_14/v1_14_6/downloads/hdf5-1.14.6.tar.gz

1	tar -zxvf hdf5-1.14.6.tar.gz

接下来是配置，需要使用intel的编译器，所有首先需要安装intel的oneapi套件，安装下面这些：

需要格外注意，我是用的是最新版的oneapi套件，已经删除了对icc、ifort的支持，所以需要注意CC、FC、CXX的写法

./configure --prefix=/opt/apps/vasp.6.5.1/hdf5/hdf5 \
	--enable-fortran \
	--with-zlib=/opt/apps/vasp.6.5.1/hdf5/dependences/zlib \
	--with-szlib=/opt/apps/vasp.6.5.1/hdf5/dependencies/szip \
	--enable-shared \
	--enable-parallel \
	CC=mpiicx \
	FC=mpiifx \
	CXX=mpiicpx

接着编译、测试、安装

make -jN

1	make check

1	make install

Wannier安装

接下来编译安装Wannier90，官网是https://wannier.org/download/，下载：

1	wget https://github.com/wannier-developers/wannier90/archive/v3.1.0.tar.gz

然后是解压，接着拷贝config文件夹中的模板：

1	cp config/make.inc.ifort make.inc

Wannier90的模板并没有调整，依然使用的ifort，然鹅Intel已经废弃了ifort，所以得手动修改一下模板了，把ifort改成ifx，依此类推，改完后的模板如下：

root@cernet2:~/Wannier90/wannier90-3.1.0# cat make.inc 

#=====================================================
# For Linux with intel version 11/12 on 64bit machines
#=====================================================
F90 = ifx
COMMS=mpi
MPIF90=mpiifx
FCOPTS=-O2
LDOPTS=-O2

#========================================================
# Intel mkl libraries. Set LIBPATH if not in default path
#========================================================

LIBDIR = /opt/intel/mkl/lib/intel64
LIBS   =  -L$(LIBDIR) -lmkl_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread

#=======================
# ATLAS Blas and LAPACK
#=======================
#LIBDIR = /usr/local/lib
#LIBS = -L$(LIBDIR)  -llapack -lf77blas -lcblas -latlas

接着编译吧：

make -jN

再编译库：

1	make lib -jN

最终，得到了两个重要的文件：wannier90.x和libwannier.a，记住这两个文件所在的目录，

VTST的安装

VTST，是一个”插件“，随着vasp的编译而安装，首先下载VTST：

1	wget https://theory.cm.utexas.edu/code/vtstcode-209.tgz

参考官网的安装过程，需要修改源代码，谨慎且小麻烦，https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html

按照教程修改vasp的main.F源代码，源代码都在src目录内

接着将VTST文件夹下的所有源码文件复制到vasp的源码文件夹内，此时会覆盖掉chain.F

然后修改.object

接着修改源码目录内的makefile文件，将其中的某一行由：

1	LIB=lib parser

修改为：

1	LIB= lib parser pyamff_fortran

我编译vasp时为了加快编译速度，需要并行编译，因此也需要将：

1	dependencies: sources

修改为：

1	dependencies: sources libs

至此，VTST需要做的已经完成了，开始编译vasp吧~~

编译vasp

使用makefile.include.oneapi这个模板，这个模板已经适配了新版的intel套件，只需要修改hdf5和wannier90这两个地方就行，本次编译使用了比较激进的方案，

# Default precompiler options
CPP_OPTIONS = -DHOST=\"LinuxIFC\" \
              -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective \
              -DscaLAPACK \
              -DCACHE_SIZE=4000 \
              -Davoidalloc \
              -Dvasp6 \
              -Dtbdyn \
              -Dfock_dblbuf

CPP         = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC          = mpiifort -fc=ifx
FCL         = mpiifort -fc=ifx

FREE        = -free -names lowercase

FFLAGS      = -assume byterecl -w

OFLAG       = -O3 -xHost -unroll-aggressive  #激进的方案
OFLAG_IN    = $(OFLAG)
DEBUG       = -O0

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB     = $(CPP)
FC_LIB      = $(FC)
CC_LIB      = icx
CFLAGS_LIB  = -O
FFLAGS_LIB  = -O1
FREE_LIB    = $(FREE)

OBJECTS_LIB = linpack_double.o

# For the parser library
CXX_PARS    = icpx
LLIBS       = -lstdc++

##
## Customize as of this point! Of course you may change the preceding
## part of this file as well if you like, but it should rarely be
## necessary ...
##

# When compiling on the target machine itself, change this to the
# relevant target when cross-compiling for another architecture
VASP_TARGET_CPU ?= -xHOST
FFLAGS     += $(VASP_TARGET_CPU)

# Intel MKL (FFTW, BLAS, LAPACK, and scaLAPACK)
# (Note: for Intel Parallel Studio's MKL use -mkl instead of -qmkl)
FCL        += -qmkl=parallel
MKLROOT    ?= /path/to/your/mkl/installation
LLIBS      += -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
INCS        =-I$(MKLROOT)/include/fftw

MKL_THREADING_LAYER=INTEL 
OMP_NUM_THREADS=1 # MPI+MKL 并行时必须绑 1，否则容易 oversubscribe

# HDF5-support (optional but strongly recommended, and mandatory for some features)
CPP_OPTIONS+= -DVASP_HDF5
HDF5_ROOT  ?= /opt/apps/vasp.6.5.1/hdf5/hdf5
LLIBS      += -L$(HDF5_ROOT)/lib -lhdf5_fortran
INCS       += -I$(HDF5_ROOT)/include

# For the VASP-2-Wannier90 interface (optional)
CPP_OPTIONS    += -DVASP2WANNIER90
WANNIER90_ROOT ?= /opt/apps/vasp.6.5.1/wannier90-3.1.0
LLIBS          += -L$(WANNIER90_ROOT)/lib -lwannier

# For machine learning library vaspml (experimental)
#CPP_OPTIONS += -Dlibvaspml
#CPP_OPTIONS += -DVASPML_USE_CBLAS
#CPP_OPTIONS += -DVASPML_USE_MKL
#CPP_OPTIONS += -DVASPML_DEBUG_LEVEL=3
#CXX_ML      = mpiicpc -cxx=icpx
#CXXFLAGS_ML = -O3 -std=c++17 -Wall
#INCLUDE_ML  =

1	make DEPS=1 -jN

笔者用的双路2676 v3的落后的工作站，因为调用了24个核心并行编译所以比较快，编译时间大概是四五分钟

接着是测试，make test默认调用4个核心，可以编辑runtest文件手动修改核心数目加快测试速度，关于测试的说明在官网：https://www.vasp.at/wiki/Validation_tests

我自己测试时需要手动加上hdf5库的环境变量，否则一个测试也跑不了：

1	export LD_LIBRARY_PATH=/opt/apps/vasp.6.5.1/hdf5/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

对了，为了避免任何关于内存栈的错误，也请执行下面四行命令（从集群slurm脚本抄的）

ulimit -d unlimited
ulimit -s unlimited
ulimit -t unlimited
ulimit -v unlimited

./install_cp2k_toolchain.sh –with-sirius=no –with-intelmpi=system –with-mkl=system –with-openmpi=no –with-plumed=install –with-cmake=system –with-ninja=install –with-dftd4=install

cp2k的dftd4库和ninja库参考公社上的文件，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=55624&highlight=dftd4

(no title)

后记

编译HDF5

Wannier安装

VTST的安装

编译vasp

John Doe